市审计局设下列内设机构：
（一）市委审计委员会办公室秘书处。承担市委审计委员会办公室的日常工作。
（二）办公室。负责机关日常运转，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、新闻宣传、财务等工作；对审计工作相关重要问题进行研究，承担综合文稿起草和审核有关工作；拟定审计工作的政策、规划和计划，统一管理全市审计机关审计项目计划；联系特约审计员。
（三）法规与审理处（绩效督查处）。组织起草审计的地方性法规、规章草案和指南；承担机关有关规范性文件的合法性审查，承担机关行政复议、行政应诉等工作；审理有关审计业务事项，监督检查县（区）审计机关审计业务质量，纠正或责成纠正县（区）审计机关违反国家规定作出的审计决定；负责对重大违纪违法问题线索的移送协调；依法组织检查审计决定执行情况，督促整改审计查出的问题；负责审计结果公告。
（四）内部审计指导监督处。推动建立健全内部审计制度，对内部审计机构进行业务指导，监督内部审计职责履行，检查内部审计业务质量；组织协调对社会审计机构出具的相关审计报告进行核查；对局机关及直属事业单位进行内部审计。
（五）经济责任审计处。组织开展市级党政部门及直属单位主要领导、事业单位主要领导等市管干部经济责任审计；负责对县（区）审计机关主要负责人经济责任审计；负责全市经济责任审计组织协调和指导检查；落实市“三责联审”领导小组会议关于经济责任审计的有关工作。
（六）电子数据审计处。组织对市级有关部门和国有企事业单位网络安全、电子政务工程和信息化项目以及信息系统审计；组织开展审计业务电子数据的采集、验收、整理和综合分析利用，指导和实施大数据审计；承担全市“金审工程”及局机关信息系统的建设、管理。
（七）财政审计处（金融审计处）。组织审计市本级预算执行情况、决算草案和其他财政收支，县（区）政府预算执行情况、决算草案和其他财政收支，市级财政转移支付资金，牵头起草审计结果报告、审计工作报告及审计整改工作报告、审计整改结果报告；负责审定县（区）审计机关对本级预算执行情况和其他财政收支情况的审计工作报告；组织审计国家和省、市有关重大政策措施贯彻落实情况；组织审计市属国有金融机构和市政府规定的市级国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债和损益；组织审计市级金融管理部门预算执行情况、决算草案和其他财政财务收支。
（八）行政事业审计处。组织审计市级各部门、事业单位、人民团体的财政财务收支。
（九）农业农村审计处（自然资源和生态环境审计处）。组织审计农业农村、扶贫开发以及其他相关公共资金和建设项目；组织开展领导干部自然资源离任审计以及自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况审计。
（十）固定资产投资审计处。组织审计市级投资和以市级投资为主的建设项目的预算执行情况和决算、市级重大公共工程项目的资金管理使用和建设运营情况。
（十一）企业审计处（涉外审计处）。组织审计市属国有企业和市政府规定的市级国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益以及财务收支；组织审计市属有关企业的资产、负债和损益以及市驻外非经营性机构的财务收支。根据上级审计机关授权，组织审计国际组织和外国政府援助、贷款项目。
（十二）社会保障审计处。组织审计市政府相关部门、市级政府管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支。
机关党委（人事教育处）。负责机关及直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训和审计专业技术职称考评等工作；指导审计人才队伍建设；负责机关和直属单位以及县（区）审计机关的工作考核，承担协助市级组织部门管理县（区）审计机关主要负责人相关工作，承办县（区）审计机关其他负责人和县（区）审计机关主要负责人的有关事项；负责机关和直属单位党风廉政建设、党群工作。