（一）办公室

组织有关重要会议；起草和审核有关文件、报告及管理制度；编制全市审计工作计划，负责全市审计统计和审计业务综合考核工作；管理审计经费和固定资产，对直属单位的财务收支进行审计；负责审计调研、审计宣传、审计信息、机关文电处理、保密、信访、档案管理、接待、安全保卫等工作。
负责局机关和直属单位的机构编制及其人员管理，按干部管理权限办理局机关和直属单位的干部调配、任免、考核、奖惩、工资福利、职称考评；负责协管县(区)审计局负责人的有关工作；负责全市审计干部教育培训工作；负责局机关老干部工作，负责局及直属单位的党群工作。

（二）财政金融审计处

拟定市级预算执行情况的审计总体方案，汇总审计结果；负责审计市财政局组织预算执行情况、市地税系统税收征管情况、市金库办理预算资金的收纳拨付情况；负责审计县(区)人民政府预算执行情况和决算；负责审计市财政局的财政财务收支情况；负责审计地方金融机构的资产、负债、损益情况；根据审计署的安排，组织全市审计机关审计中央在宿迁的金融机构的资产、负债、损益情况；开展财政金融专项审计及审计调查；指导局派出审计机构、直属审计室和下级审计机关的财政及有关审计业务。

（三）行政事业与社会保障审计处

负责审计与市财政有拨缴款关系的市人大机关、市政协机关、市级司法机关、政党组织、社会团体的财政财务收支；负责审计市政府有关部门的财政财务收支；组织行政事业与社会保障专项审计和审计调查；指导局派出审计机构、直属审计室和下级审计机关行政事业与社会保障审计业务。

四）任期经济责任审计与内部审计指导处

负责并协调党政领导干部和企业领导人员的任期经济责任审计工作；指导全市党政领导干部、企业领导人员任期经济责任审计和经济案件审计业务；负责并协调有关经济案件的审计工作；对全市内部审计工作进行指导、监督。
参与财经法规研究，草拟地方性审计法规、规章和规范性文件，收集和整理财经法规，组织实施审计普法教育；负责审计复核，办理审计听证、审计复议和行政诉讼事项；检查审计执法情况，监督社会审计组织的审计业务质量；指导下级审计机关的法制工作。

（五）农业与资源环保审计处

负责审计市政府有关部门的财政财务收支；负责审计市属国有农业企业一级单位的资产、负债、损益情况；负责审计市级人民政府管理的农林、水利、国土资源、环保、渔业资金的筹集、管理、使用情况；开展农业与资源环保专项审计和审计调查；指导局派出审计机构、直属审计室和下级审计机关农业与资源环保审计业务。

（六）固定资产投资审计处

负责管理、协调、监督市级国家建设项目的审计业务；负责审计市政府有关部门的财政财务收支；对市属施工企业进行审计监督；组织固定资产投资专项审计和审计调查；指导局派出审计机构、直属审计室和下级审计机关的固定资产投资审计业务。

（七）经贸审计处

负责审计市政府有关部门的财政财务收支；对国有资产管理公司和市政府授权经营国有资产的集团公司进行审计监督；组织经贸专项审计和审计调查；指导局派出审计机构、直属审计室和下级审计机关经贸审计业务。
组织审计国际组织、国际金融组织和外国政府对我市提供的贷款、援款和赠款项目的财务收支；提供世界银行和亚洲开发银行援贷款项目的审计公证报告；组织市本级中外合资、合作企业和境外企业审计；开展外资运用专项审计和审计调查；指导局派出审计机构、直属审计室和下级审计机关外资运用审计业务。

（八）计算机审计处

负责并指导对被审计单位的会计电算化软件审计；负责全市审计机关计算机辅助审计系统、审计管理系统、办公自动化系统的规划与管理；组织全市审计机关计算机审计软件的培训、推广和运用；承担局机关计算机审计方面的其他工作。